За прошедшие годы наиболее тесное взаимодействие сформировалось с ПАО «Газпром» и ПАО «Газпром нефть». Основным направлением совместной деятельности Губкинского Центра с нефтегазовыми компаниями (НК) стали инновационные проекты в следующих областях:
- теория и практика промыслово-геофизических и гидродинамических исследований;
- методы контроля и технологии стационарного мониторинга и управления разработкой месторождений нефти и газа.